实验室设学术委员会、管理委员会、主任、副主任、专职秘书、办公室以及研究中心。

实验室实行上海交通大学领导下的主任负责制，实验室主任对实验室的各项工作负责。

学术委员会是实验室的学术决策和指导机构。学术委员会的职责在于明确交叉学科的协同机制以及各研究方向的协调机制，制定实验室研究方向和发展规划开展工作，保障实验室学科交叉功能和高水平学术成果产出目标的实现，并与管理委员会形成相互监督机制。

管理委员会是实验室的日常管理机构。管理委员会的职责在于协调各管理、指导与组成部门，统筹实验室各内部机构的责任分工，明确实验室工作人员的任命与评聘流程，保障实验室高效运行、安全运行，并与学术委员会形成相互监督机制。

实验室办公室负责协助学术委员会、管理委员会、实验室主任及副主任处理实验室各项具体行政事务性工作，确保实验室的顺畅运行。

为推进有组织的科研，实验室项目制为抓手，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制； 坚持科教融合，创新引领，定期评估，动态调整，聚焦推动研究范式转型。 结合实验室的研究方向，已发布的重点项目分别是：

（一）《基于大模型与运筹优化的智能决策算法研究》

（二）《智能制造与服务管理中的数字化管理决策理论与应用研究》

（三）《数字化赋能区域协调发展的理论与实践研究》

（四）《数字技术赋能主动健康生活方式管理的研究》