实验室设学术委员会、管理委员会、主任、副主任、专职秘书、办公室以及研究中心。

实验室实行上海交通大学领导下的主任负责制，实验室主任对实验室的各项工作负责。

学术委员会是实验室的学术决策和指导机构。学术委员会的职责在于明确交叉学科的协同机制以及各研究方向的协调机制，制定实验室研究方向和发展规划开展工作，保障实验室学科交叉功能和高水平学术成果产出目标的实现，并与管理委员会形成相互监督机制。

管理委员会是实验室的日常管理机构。管理委员会的职责在于协调各管理、指导与组成部门，统筹实验室各内部机构的责任分工，明确实验室工作人员的任命与评聘流程，保障实验室高效运行、安全运行，并与学术委员会形成相互监督机制。

实验室办公室负责协助学术委员会、管理委员会、实验室主任及副主任处理实验室各项具体行政事务性工作，确保实验室的顺畅运行。

实验室设立5个研究中心，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制；坚持科教融合，创新引领，定期评估，动态调整，并将根据学科发展的需要，适时调整研究中心的数量和组成：

（一）行为科学研究中心；

（二）管理决策模型与算法研究中心；

（三）企业智能管理决策理论与应用研究中心；

（四）城市治理与政策评估中心；

（五）交大安泰-全拓数字治理研究中心